EPOSのdigital input 3に入れるパルス列ですが､例えば速度制御の場合、周波数やデューティー比を変えれば速度が変化するのでしょうか

EPOSは基本的には常にマスターから通信線経由でコマンド受け取って制御するタイプのコントローラですが、通信線を経由しない方法もあります。
それが「パルス列入力モード」（Step/Direction modeあるいはMaster encoder mode、EPOS2シリーズのみ）または「アナログ電圧入力モード」です。
例えば「EPOS2 24/5」であれば、「Step/Direction mode」あるいは「Master encoder mode」は「Position mode（位置制御モード）」の変形とお考えいただければ解りやすいかと思います。
すなわち「1パルスが入力されたらどのくらい動くか」というパラメータ（Scaling Factor）を予め決めておき、その保存されたパラメータに基づいて、パルスを感知すれば駆動させます。
連続したパルス列を入力すれば、ステッピングモータと同様に、結果的に位置制御や速度制御になります。
（パルス列入力モードでは「電流制御」を行うことはできません）
「1パルスを入力すれば、Scaling Factorが1であれば1qc動く」ということになります。
したがって、パルスのDuty比ではなく、周波数が決定要因となります。
回転数や位置は、Scalling Factorや取り付いているエンコーダ、入力している周波数に拠ります。
また許容できるScaling factorや許容できる周波数など、それぞれの部分で限界があります。「EPOS Studio」の「Step Drection mode」にて各種パラメータを設定して、実際にパルスを入れてみてうまく回ったら、その設定を「Object Dictionary」で右クリックで「Save all Parameter」で保存してください。また、その後「Enableスイッチ」の設定を行う必要もあります。