EPOSを使用していますが、エンコーダ値の取得と書き込みのためにSimulinkでどのようなものを作成すればよいでしょうか

具体的にSimulinkでどのようなものを作ればよいか、ということについては弊社としてはお答えできかねます。
一つ、ツールとして非常に便利なものとして、EPOSの設定用のソフト「EPOS Studio」の「Command Analyser」機能を使うことをお勧めいたします。
Interface Layerで見ることによって、どのようなデータが流れているかが可視化することができます。