qc(EPOS2での位置情報。EPOS4では inc)で見るとモータは1周しているはずなのですが、実際に印をつけて測ってみると45度ほどしか回っていません。何が問題なのでしょうか

PositionMode（ProfilePositionMode含む）において、指令値と実際の動作量が異なる原因として考えられるのは下記の通りです。

初期設定（エンコーダカウント値）の入力ミス
ギアヘッド分の考慮忘れ→あくまでも「モータ軸」で1回転なので、ギアヘッドを取り付けている場合は減速比（絶対値）を考慮する必要があります。
「MoveAbsolute」と「MoveRelative」の考え違い→「MoveAbsolute」はSetting Valueに入力した値のズバリその位置（絶対位置）に動きます。「MoveRelative」は現在の位置からSetting Valueに入力した分（相対移動）が動きます。